專題實習
在課程設計方面，強調理論與實務並重，大學部之課程規劃均衡，包括基礎、核心、專業、通識、興趣等必修與選修課程，而專題實習或專題研究等相關課程部分，則重視培養學生具備獨立探索研究與開發創新的能力。本系有專屬的就業實習老師，目前由許毅芝老師擔任，每年利用寒、暑假安排學生至校外十幾個合作實習單位實習。許毅芝老師從『生物科技專題實習』的課程計畫，安排學生赴生醫相關公司與機構實習至少160小時。與本系合作的單位包括工業研究院生物醫學所、馬偕醫院、行政院衛生署立桃園醫院、國泰醫院及葡萄王生物科技公司，學生可藉由參與研發以瞭解產業運作，進而提升學生未來進入產業之競爭力。
學程
本系目前畢業學分已經調降至128學分，所以學生有充足的時間增加跨領域的學習，已厚實本質學能以具備進一步深造或符合業界需求的專業人才。本系鼓勵學生修習輔系、跨領域學程或就業學程等。目前本系有開設「生技保健食品跨領域學分學程」和「葡萄王生技就業學程」供學生選則修習，也鼓勵同學可至理、工、電資、商、法等學院選擇輔系。在提供學生更多學習選擇及提昇自我競爭能力考量下，全系老師與導師利用註冊日、導師時間或上課與課後時間鼓勵同學針對自己狀況與興趣，申請選讀其合適之學程、輔系或甚至雙主修，本系也宣導並提供在校同學可校際選課等相關資訊。
為增加學生之就業競爭力，100年起設有跨領域生技保健食品學程，102年保健食品研發工程師能力鑑定及保健食品初級工程師能力鑑定考試正式舉行後，其內課程之規劃已開始朝考試內容修正。
